契約書の記載内容をよく読まなければ判定は出来ませんが、

「既に支払い済みの金員を放棄して・・・」という記述であれば、中間金支払い期日が未到来の時、それまでに支払った額５０万円が解約手付であるという解釈が成り立ちます。

契約書の特約に手付解除は中間金も含むと記述されていても、中間金の支払い時期までの手付解除禁止事項でもないかぎりは既に支払った分の５０万円で手付解除できる可能性があります。

きちんとお調べするのであれば、
東京都都市整備局の不動産相談窓口にご相談されることをお勧めします。
その際は、売買契約書・重要事項説明書・その他合意書などを持参すること。
予め電話相談をしてから行くほうが宜しいかと思います。
東京都のホームページで「不動産相談」で検索しても良いですし、
「東京都不動産相談」でも出てきます。
なにもわからなくても都庁の総合案内で「不動産取引の相談」と言えばつないでくれます。

あと、質問の際に確認されるであろうことは、

①中間金を支払わなければ解約できないと言っているのは、仲介ですか？　売主ですか？
②売主は個人か宅建業者か

質問の意図は、個人が売主の場合と、宅建業者が売主の場合で契約内容の有効性が異なることと、
仲介の知識不足による事実誤認の可能性もあるので、きちんと確認したほうがよろしいと思います。

売主が個人であっても宅建業者であっても仲介がいるのであれば契約内容の説明義務はございます。言った言わないの話になった場合、契約書・重要事項説明書に買主であるご相談者の署名捺印があれば書面のほうが有効となる可能性が大きいです。

売主または仲介が、あからさまに何も読まずにサインしろなどという場合は相手方に責任がありますが、記載があって内容も読んだが意味が分からないのにサインしたというのであれば相手方の責任は問えない可能性があります。

【コメント】

ポイントは手付解除の条件が既に支払い済みの金員の放棄か否かという点です。
経験上ですが、期日未到来の中間金も含めないと手付解除できないというのはあまり聞いたことはありません。
不明点があるので、明瞭な回答は出来ませでしたが、ご解決の一助になれば幸いです。

回答日：2016/06/27

※株式会社いえらぶGROUPは、回答内容の正確性、完全性または有用性等について、一切の責任を負いかねます。

リアルファーストの高山と申します。
内容を見ると売主は個人の方でしょうか？
手付解約の期日内であれば、手付金放棄で解約できるのが通常です。
契約書のなかで特約があり、中間金の期日が到達しているのであれば中間金も手付解約金に該当する可能性が御座います。
中間金の支払日に到達していないのであれば、手付だけでの解除できるはずです。
売買契約の説明義務は仲介会社にはないです。
一般的には売買契約も説明しますが、会社によっては説明しない場合もあるようです。
説明しないとこうなりますからね・・・。

回答日：2016/06/27

※株式会社いえらぶGROUPは、回答内容の正確性、完全性または有用性等について、一切の責任を負いかねます。