私も賃貸併用住宅のオーナーで、三井住友銀行でお金を貸してもらえました。
約3分の1が住宅、3分の2が賃貸部分です。

住宅ローンとアパートローンを併用しており、
借入比率も概ね上記と同じ比率です。（コストの関係で住宅ローンを少し多くしています）


権利形態で難しい部分があるとすれば、複数の相続人がいる場合、賃貸部分が将来的にご相談者のものでなくなる可能性が内在していることです。
その為、貸手の金融機関は相続人全員の連帯保証を求めることがあります。

私も親から資金を借りましたが共有にはせずに、親と金銭消費貸借契約を交わしました。
（親は連帯保証人です。）

仰るように、金融機関には規定があるので、貸してくれないところもあるでしょう。

因みに、住宅部分が50％以上であれば住宅ローンで全て賄えるので、金利的にはメリットが多く借りやすくなります。

ご相談内容は珍しくはない計画なので、権利形態以外に問題があるのかもしれません。

内容を全て把握しているわけではないので、表面的な回答で申し訳ありません。
大変でしょうけれども、いろいろな金融機関にあたってみてください。
どこか貸してくれるところがあるはずです。
もし駄目でも、他の問題点があれば見つかるはずです。

回答日：2016/07/28

※株式会社いえらぶGROUPは、回答内容の正確性、完全性または有用性等について、一切の責任を負いかねます。